顾宪成、高攀龙死后，他是大明士林仅存的泰山北斗。
朝廷都公开赞扬刘宗周“千秋间气，一代完人，世曰麒麟凤凰，学者泰山北斗”——
如果朱由检这个皇帝不用他，甚至都有可能被非议“野有遗贤”。
所以在打倒阉党之后，刘宗周就被朱由检列入第一批起复名单。而且他记得刘宗周是殉节忠臣，还知道他是大明最后一位儒学大师、宋明理学心学殿军、黄宗羲的老师。虽不知他能力如何，还是起复为佥都御史，负责查办阉党。
朱由检相信这个在天下间深孚众望的人，不会让自己失望。即使以后有人对阉党的处置有非议，也能借助刘宗周的名望压下去。
果然，刘宗周的名字一出，谁都没有话说。对他署理佥都御史，没有任何异议。
唯一的问题是，朱由检任命的佥都御史太多了，超过左、右二人。
许宗礼提出这个问题，朱由检道：
“副都御史和佥都御史这两个职位，以后就不再区分左右，根据所负责的职务，设置一位副都御史、四到六位佥都御史。”
“以后都察院由左都御史执掌院事，副都御史协理院事，佥都御史负责具体总署。”
“设置专门的右都御史，负责监察科道官员，并且和吏部一起管理御史加衔。”
“其他不在都察院却有御史加衔的官员，朕授权他们和真正的御史一样拥有监察权，可以监察不法，并且能监督科道官员。”
“十三道监察御史不变，仍旧负责原有公务。”
说着都察院机构的调整，朱由检为了让他们转向监督官员，还讲解具体运行：
“所有监察御史都有独立监察权，根据监察出事务的分类，提交给不同的总署协助。”
“如果有官员涉嫌腐败，监察御史查出后，可以提交给廉政总署查处，确定具体证据。最终的结果由该监察御史和负责廉政总署的佥都御史签字。”
“如果有官员在财政收支上有问题，那就提交给审计总署。”
“如果有官员涉嫌违法犯罪，那就提交给检察总署提起公诉，让大理寺审判。”
“如果有官员在这些方面都有涉及、或者案情重大，那就由该监察御史申请从各总署和十三道抽调人员，临时组建独立调查署，直到案件结束撤销调查署。”
“调查总署设佥都御史执掌，刘宗周到京后担任。平时可负责各个调查署的人员调配，但是如果没有正当理由，不得拒绝监察御史组建独立调查署的申请。”
“刑部和地方按察司等三法司官员，也要配合调查总署对人员的调用。”
这样的调整明面上加强了御史权力，却让他们的精力主要对准官员。朱由检可不想那么多御史闲着没事盯着自己，让他们去盯官员，总比盯着自己好。
群臣听着皇帝对十三道监察御史和廉
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